企业，海关，电子口岸三方签订电子协议流程：
第一步：持法人卡登陆电子口岸网站WWW.CHINAPORT.GOV.CN 输入IC卡密码，进入总界面。
第二步：进入“通关无纸化签约系统”界面，左上选择“三方协议签约”，选择直属海关，点“同意”后再点“签约”。
第三步：左边界面“三方协议查询”查询协议状态。海关回执显示“入库成功”表示签订成功。
电子报关委托的流程:
第一步：无纸协议签订成功后，通过电汇的方式给报关协会汇款，一份委托是0.4元，电汇一次不能少于100份。需注明：“购买电子报关委托书”和企业海关注册编码（10位），地址、姓名、电话等信息,报关协会以便开具发票。
账户：山东报关协会
账号：372005532018001055277
开户行：交通银行青岛市北第三支行 
    电话：0532-82932919   传真：0532-82852889
地址：青岛市新疆路16号
第二步：持操作员卡登陆电子口岸网站WWW.CHINAPORT.GOV.CN 输入IC卡密码，进入总界面。
第三步：进入“电子（代理报关委托书/委托报关协议）系统”界面,选择左边界面“账户管理”里的“账户查询”，能在“已购份数”看到所购买的委托份数。
第四步：选择左边界面“委托报关”里的“发起委托申请”。右边出现委托书条款，点“确定”。
第五步：签订委托书界面。“被委托方企业海关编码“里输入报关行海关代码，按回车键。系统提示“系统中不存在 企业海关编码为xxxxx的委托书，开始建立委托书”。再点“新增协议”可以填下面的框了。一份协议可以录5个委托。
第六步：“委托协议”框中的必填项都要填，填完后“保存协议”。
第七步：“查询最近5条”能看到刚填完的委托。
第八步：也可以“保存协议”后，点“新增协议”继续录“委托协议”框中的必填项。保存后继续新增，新增5次为止。
第九步：点“发起申请”。
第十步：报关委托成功一票后，下次使用就进入 “确认追加委托协议”中进行操作。
第十一步：在“委托状态查询”中取得“委托协议编号”。
第十二步：委托协议中的必填项包括：品名，HS编码，总价，提单号，贸易方式，货源地，付款方，收到单证日期，收到单证情况，等选项。贸易方式一般有进料加工，一般贸易，来料加工这三种.
 
法人卡可以给操作员卡设置权限，仅针对报关业务开通权限，操作员卡可以无限张。